真菌检验有多种染色方法，以革兰染色为主。

（1）革兰氏染色：适用于酵母菌和类酵母菌的染色。酵母型细胞和菌丝、孢子被染为革兰氏阳性（深紫色）。

（2）墨汁负染色：适用于隐球菌的检查。可见新型隐球菌具宽厚荚膜。

（3）乳酸酚棉兰染色：适用于各种真菌的检查。酵母型细胞，菌丝和孢子被染为蓝色。

（4）瑞氏染色：适用于检测骨髓和外周血中的荚膜组织胞浆菌。